2012年9月29日，国务院以国函〔2012〕148号，正式批复设立舟山港综合保税区。舟山港综合保税区的设立是落实《国家“十二五”规划纲要（2011-2015）》“重点推进浙江舟山群岛新区发展”及国务院《浙江海洋经济发展示范区规划》“加快建设舟山海洋综合开发试验区，全力打造大宗商品国际物流基地，扩大舟山对外开放，支持符合条件的区域按程序申请设立海关特殊监管区域”的重要举措，也是实施《长江三角洲地区区域规划》的现实载体。

　　按照既符合舟山实际，又满足监管需要的原则，采取“一区三片”模式，设置本岛分区、衢山分区和空港分区，总规划面积5.85平方公里。2014年1月本岛分区封关运作以来，舟山港综保区功能政策不断创新突破，口岸服务水平有效提高，配套设施建设逐步健全，对外开放水平全面提升，保税加工制造开始起步，国际海事服务基地建设扎实推进。2018年完成保税燃料油供应359.3万吨，舟山跃升为全国保税船用燃料油第一大加油港，并首次跻身全球十大供油港。目前，综保区已累计注册企业超万家，一线进出口额迅猛增长，2018年实现一线进出口额14.85亿美元，增长121%。