截至2018年底，舟山市共有卫生机构713个（含村卫生室），其中，医院33个，社区卫生服务中心（卫生院）36个，社区卫生服务站140个。卫生技术人员（含村卫生室）9984人，增长8.1%，其中，执业医师4105人，注册护士3827人，分别增长14.6%和9.0%。医疗卫生机构开放床位6407张，增长12.0%。全年累计报告传染病（甲乙丙类）11165例，报告发病率955.90/10万。5岁以下儿童死亡率4.1‰，同比提高2.0个千分点，婴儿死亡率2.61‰，同比提高1.4个千分点。免费婚检率78.2%，孕产妇住院分娩率99.98%，一孩率63.9%，二孩率35.2%。